下記は、オープンしているすべての Simulink の Scope や Signal Viewer を閉じる場合のコードです。
shh = get(0,'ShowHiddenHandles'); % ShowHiddenHandles の現在の設定値を取得
set(0,'ShowHiddenHandles','on'); % on に変更
hscope = findobj(0,'Type','Figure','Tag','SIMULINK_SIMSCOPE_FIGURE'); % Scope ハンドルの取得
close(hscope); % Scope のクローズ
set(0,'ShowHiddenHandles', shh); % ShowHiddenHandles を元の設定に戻す