等高線のラベルを付ける位置をマウスで指定する必要がありますが、たとえば下記のようにするとラベルを指数表示にすることができます。
x = linspace(1,3,30);
y = linspace(1,3,30);
[X Y] = meshgrid(x,y);
Z = (X.^2+Y.^2)*1e3;
[C,h] = contour(X,Y,Z);
t = clabel(C,h,'manual')
set(t,'BackgroundColor',[1 1 1]);
for kk = 1:numel(t)
t(kk).String = sprintf('%.2e',t(kk).UserData);
end