imshowpair で montage オプションで並べて表示する場合、縦並びとするオプションは用意されておりませんが、下記montageコマンドを利用して、目的の処理を実現することができます。
A = imread('cameraman.tif');
B = imrotate(A,5,'bicubic','crop');
montage(cat(4,A,B),'Size',[2,1])
※ cat(4,A,B) は A,B を4次元方向に行列を結合するという意味となります。