MATLAB Functionブロックのパラメータ引数は数値データしか対応していないので、オブジェクトを受け渡すことができません。 ワークスペース間でデータを共有する関数assigninを使ってはどうでしょうか?
function y = fcn(u)
coder.extrinsic('assignin')
obj_mlf = [];
assignin('base', 'obj', obj_mlf)
y = u;
※objはMATLABワークスペースにあるSerialオブジェクト変数です。
 
うまく行かなかったらその旨教えて下さい。