たとえ開発に使用するMATLAB/Simulinkバージョンが非最新版で固定されていたとしても、成果物のCコード解析においては、最新版のPolyspaceを使用頂く方が望ましいと言えます。
PolyspaceはMATLABファミリーの製品ではありますが、コード解析にはMATLAB/Simulinkエンジンとは別の仕組みを使用しています。その動作はMATLAB/Simulinkが使用している計算のアルゴリズムや精度から切り離されていますので、開発に使用するMATLAB/Simulinkのバージョンの影響は受けません。
よって、コードの検証を担うPolyspaceを使用する上では、機能・性能面で最も改善されている最新版をお使いになることが望ましいと言えます。