こちらでいかがでしょう。
an = animatedline(ax,___)
の構文を使って subplot で作成される座標軸オブジェクトそれぞれの上に animatedline オブジェクトを作成しています。参照： グラフィックスオブジェクト
haxes1 = subplot(2,1,1); axis([0,4*pi,-1,1]) haxes2 = subplot(2,1,2); axis([0,4*pi,-1,1]) h1 = animatedline(haxes1); h2 = animatedline(haxes2);
x = linspace(0,4*pi,1000); y1 = sin(x); y2 = cos(x);
for k = 1:length(x)
addpoints(h1,x(k),y1(k));
addpoints(h2,x(k),y2(k));
drawnow
end
