When you see something that you do not understand, LOOK AT YOUR DATA.
C(1,:)
ans =
Columns 1 through 31
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Columns 32 through 45
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
C1(1,:)
ans =
Columns 1 through 31
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Columns 32 through 45
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
isequal(NaN,NaN)
ans =
logical
0
NaN == NaN
ans =
logical
0
NaNs are not equal to NaNs.
nnz(isnan(C))
ans =
543150
numel(C)
ans =
995220
Roughly half of your array elements are NaN.
You can test for equality, where NaNs are considered to be equal to NaNs, using isequaln.
isequaln(C,C1)
ans =
logical
1
