例えばモデルプロパティのコールバックでログの保存をするなど、シミュレーション後に時間がかかる処理が行われていないか、S-functionの元となるCコードに書かれているTerminate処理の内容などを確認してみてはいかがでしょうか?  
Simulinkシミュレーションのパフォーマンス改善について(ModelTerminate)
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環境はMatlab R2010b SP2です。
アクセラレータモードでSimulinkのシミュレーション時間をプロファイラーで評価したところ、 ModelTerminateがシミュレーション時間の8割を占めていました。
ModelTerminateに手を打ち、シミュレーションのパフォーマンスを向上させたいのですが、 どういった切り口で改善案を検討すれば良いか教えて頂けないでしょうか。
(参考) 該当モデルはS-functionを内包する為、ラピッドアクセラレータモードは利用できません。
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