ユーザー定義のサブシステムのみを抽出するような区別がないことから、パラメータ設定のみで対応するのは困難と考えられます。
代替案としては、独自のサブシステムに特定の名前をつけるようにして、正規表現オプションをつけることで特定の名前の文字列が含まれるブロックを抽出することが可能です。例えば名前にtestが含まれているブロックをgcsから抽出するには、以下のようにします。
>> find_system(gcs,'regexp','on','Name','test')
詳細は
https://jp.mathworks.com/help/simulink/slref/find_system.html#bu4i7s2
