save コマンドを使用するなどして、変数を MAT ファイルに保存した場合、データは圧縮されます。
デフォルトの v7 オプションでは、ファイルサイズに 2GB の制限がありますが、"-v7.3" フラグを使用することで保存することが可能です。
ただし、-v7.3 アルゴリズムでは、HDF5 ファイル形式を使用してデータを保存するため、ファイルにメタデータが追加されます。 ここで追加されるメタデータの量は、データ構造に依存し、データ構造の複雑さによって異なります。
なお、回帰木(regression trees)を扱っていて、データが 2GB より大きい場合は、データを保存する前に compact コマンドを使用してデータのサイズを縮小することでも対処可能です。
compact コマンドで 2GB 以下のサイズが縮小されない場合は、データセットを分割して、各パートを別々のMAT ファイルに保存することを検討してください。