例えばワークスペースにtimeseriesオブジェクトの変数timeSeriesDataがあり、それをFrom Workspaceブロックに読み込むとします。
Ts = 1
timeSeriesData = timeseries([2 4 5 6 7 4 10]', [0:6]*Ts)
サンプル時間Tsが1だとすると、シミュレーション終了時間は以下の式で計算できるので、それを変数に代入して、Simulinkのシミュレーション終了時間に設定します。
stopTime = (length(timeSeriesData.Time)-1)*Ts
このコードをシミュレーション開始前に実行されるよう、ファイルメニュー > モデルプロパティ > コールバック > InitFcnに書いておけば、データによってシミュレーション終了時間が変わるようにできると思います。  
サンプルファイルを添付します。
