いろんな方法で実現できるとは思いますが、1例として参考になりましたら。
以下のサイン波(変数 y)で考えます。
t = linspace(0, 8*pi, 1000);
y = sin(t);
plot(t,y)
y の前後の値を掛け合わせてマイナスの結果となる箇所は、値の符号が変わっている、すなわちゼロクロスが発生していると考え、
zeroCross = y(1:end-1).*y(2:end) < 0;
find 関数を使うと位置が分かります。
find(zeroCross)
ans =
125 250 375 500 625 750 875
任意の閾値というのは、その値を y から引くなどの処理で大丈夫そうですがいかがでしょう?