MATファイル内に、GUI画面 に対応するグラフィックスハンドル(Figure オブジェクトのハンドル)が含まれていると、データの読み込みと同時に開かれてしまうことが考えられますね。
該当する Figure オブジェクトへのハンドルも MATファイルに保存しておく必要がなければ、削除してしまうのも1つかと。
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