エラーメッセージは下から読んでいきます。一番上の階層（実行しているスクリプト）でのエラー情報から始まり、その内部での処理におけるエラー発生個所・・という感じに、エラーメッセージの出力順が上がるにしたがって深入りしていくイメージでよいかと思います。
コード・エラーメッセージの添付だけでも大変助かるのですが、今回の形だと実行できない＆コピペもできません。。何か事情があるのかとは思いますが、そもそもわざわざファイルを開くという手間が閲覧者側に発生しますので、少し不親切かと思いました。エラーメッセージはそのまま質問文内にコピペ、実行できる形のファイルを添付がベストです。
それはともかく、根本原因は kondo_reaction_model にありそうです。ode15s で被積分関数として指定する場合
を見る限り、入力引数として２つ受け取る必要があるのかと。
function dtdx = kondo_reaction_model(x)
を
function dtdx = kondo_reaction_model(t,x)
に変えるだけで動くかも。検証はできていませんが。
