これは、Figure オブジェクトの InvertHardCopy プロパティによるものです。デフォルトでは、ファイル出力したFigure の背景色は白になります。
・Figure : InvertHardCopy プロパティ
https://in.mathworks.com/help/matlab/creating_plots/save-figure-at-specific-size-and-resolution.html
Figure の色を画面上の色とエクスポート後で一致させるには、Figure の InvertHardCopy プロパティを 'off' に設定します。
figure
plot(1:10)
set(gca, 'color', 'g')
set(gcf, 'color', 'r')
set(gcf, 'InvertHardCopy', 'off') % InvertHardCopy を off に設定する
print -djpeg myfig.jpg
関連するドキュメンテーションが下記よりご覧いただけます。
・背景色を保持した Figure の保存