デフォルトはデータの端は反射した信号として処理されます。これを有効にするかどうかはパラメータExtendSignalで設定できます。
cwt(x, Fs, 'ExtendSignal', false);
プロットの端のグレーアウトしている部分はCone of Influenceと呼ばれ、反射が影響を与える領域となっています。MotherWaveletの大きさによってCone of Influenceの領域は変わるため、下側が大きく、上側が小さくなっています。
以下のように第3の出力引数を与えると、Cone of Influence値を出力することができます。
[coefs,f,coi] = cwt(x,Fs)