下記の記述がありますが、currentTimeは可変ステップの場合、tで定義されていない値をとりえます。その際、インデックス colがemptyになるのが問題のようです。
修正前:
col=cs(1,:)==currentTime;
修正後:
ind = find(cs(1,:)>=currentTime);
col = ind(1);
また、cs作成時のベクトルの並びも間違っているようです。Digital Clockブロックも連続系で使えるClockブロックに置き換えたほうが良いかと思います。