同じファイルに対してfopen関数を実行した場合にfileIDの数字が増えるのは、fopen関数を実行するたびに異なるfileIDが割り振られているからです。
fopen関数の仕様では、fileIDはDouble型の整数になっています。
1と2は標準出力と標準エラー出力によって予約されているので、通常のfileIDは3以上の整数になっています。
なお、fopen関数によって開かれたすべてのfileIDを閉じるには、次の構文を使用します。
fclose('all')
また、OS側でいうところのfileIDは、例えばWindowsであれば、次の構文で確認することができます。
! fsutil file queryfileid <filename>
HTH
