MATLAB Compiler で生成されたアプリケーションを実行した際に展開されるキャッシュフォルダのデフォルトの場所は、Windows OS の場合、一時フォルダ(%Temp%) 以下に設定されています。
これにより、Windows 側の設定により、一時フォルダからファイルが削除されたために発生することが考えられます。
問題の切り分けとしまして、MCR_CACHE_ROOT 環境変数を作成し、その値に任意のキャッシュフォルダの場所を定義してください。このとき、フォルダの場所は、ローカルフォルダを指定してください。