エラーバーチャートの上に空のグラフ（エラーバー無し）を上書きして、そのグラフに対して凡例を指定する、というのはいかがでしょうか？ 以下はその一例です。
% Sample data
x = 1:10:100;
y = 100*rand(1,10);
err = 8*ones(size(y));
% Errorbar chart w/ legend
figure
errorbar(x,y,err,'bo-')
hold on
h1 = plot(nan,nan,'bo-'); % Empty graph w/o errorbar
legend(h1,'Test');
