data1 = readtable('Sample1.csv');
data2 = readtable('Sample2.csv');
data12 = [data1;data2];
writetable(data12,'Sample12.csv');
ではいかがでしょう。
Sample1.csv の続きに書き込むのも writetable 関数で可能ですが、書き込む範囲を確認するために Sample1.csv の情報(データ行数)は確認する必要があります。それなら両方読み込んで1つの変数に纏めて、書き出した方が楽かなと思いまして。
日付のフォーマットも、Sample1.csv と Sample2.csv で違うのが気になりましたが、readtable 関数だとどちらも datetime 型で読み込むので楽です。