残念ながらAPIとしては存在していません。
signalbuilderコマンドで切り替えて実行するスクリプトをデモモデル'sf_car'を例題として以下に記載します。
%以下、スクリプト
strModelName = 'sf_car';
strSigBlock = 'sf_car/User Inputs';
% 信号データ情報
open_system(strModelName);
[time, data, signames, groupnames] = signalbuilder(strSigBlock);
% Signal Builderコマンドによってグループ数を取得しグループ数分回している
for n = 1: numel(groupnames)
% このループで実行するグループをセット
signalbuilder(strSigBlock, 'activegroup', n);
% このループで実行するグループのシミュレーション終了時間を取得
[time, data, signames, groupnames] = signalbuilder(strSigBlock);
t = time{1, n};
strEndTime = num2str( t(end) );
% Simコマンドで実行
sim(strModelName,...
'StopTime', strEndTime);
end