この場合、3人の方が同時にMATLABを起動できます。
1人の方が、例えばtrainNetworkコマンドでディープラーニングの学習をさせている場合、Deep Learning Toolboxのライセンスが使用されます。
その状態で、他の方がDeep Learning Toolboxの機能、例えばディープネットワークデザイナーアプリを起動するとか、trainNetworkコマンドを実行するとか、を行おうとするとライセンス取得エラーが起き、実行できません。1人目の方がMATLABを終了するか、以下のコマンドでDeep Learning Toolboxのライセンスをリリースすれば他の方が使えるようになります。
license('checkout', 'neural_network_toolbox')
>MATLAB以外のToolboxも全部3本ずつ揃える必要がありますか?
Toolboxを同時に使用することが多いのでしたら揃えたほうが良いと思います。