こんにちは。はい、可能です。
サンプル動画を用いた例を以下に示します。1フレーム目を読み取って、マウスで切り取り範囲を指定します。
もし、特定のピクセルの値でしたら、imcropの行を、I(10,10,:)などとすればよいです。
するとループが開始して、その切り取り範囲のみをtempに格納していきます。
ただ、動画の再生時間が非常に長く読み取りに時間がかかっているのでしたら、この方法は解析時間の短縮化という意味では役立たない可能性もあります。
しかし、tempの（ファイル）サイズは大きく削減されると思います。
clear;clc;close all
vidObj = VideoReader('xylophone.mp4');
I1 = read(vidObj,1);
figure;imshow(I1)
rect=getrect;
for k=1:vidObj.NumFrames
I = read(vidObj,k);
I_cropped = imcrop(I,rect);
temp(:,:,:,k) = I_cropped;
end
figure;imshowpair(I1,temp(:,:,:,10),'montage')
