【2020/03/23 アップデート】
R2020aからSimulink Compilerがリリースされ、Simulinkモデルを含むシミュレーションをMATLAB Compilerでスタンドアロンアプリにしたりできるようになりました。
詳細はこちらの製品ページをご覧ください。
【2019/11/07 オリジナルの回答】
下記の関数リストにopen_systemとsimが載っているとおり、現状ではMATLAB CompilerではSimulinkのモデルを開いたりシミュレーションを実行することがサポートされていません。
ワークアラウンドとしては、Simulink CoderやEmbedded CoderでSimulinkモデルをC/C++の実行ファイルやライブラリにしてからそれを呼び出すMATLABコードに変更し、アプリケーションコンパイラでスタンドアロンのアプリケーションにする、という方法があります。
