こんにちは、コード例でlevelと示しているところに、等高線の値を指定すれば、
等高線の高さが固定されます。下の例だと、中央部のある四角形の領域の値を変化させ、
それぞれで等高線画像を示しています。
値の範囲は変わっているものの、他の場所は同じ色で示されていて、変化した部分を見て取ることができます。
しかし、これでは問題があるようで、カラーバーのもっとも下の値（ここでは-6.5）よりも低い値があるときは白飛びしますが、逆に
カラーバーの上限値（ここでは6.5）に相当する値がなければ、等高線のレベルが自動的に補正されてしまいます。例えば下のように打つと、下限の値は白飛びしていますが、上限の値がlevelどおりに表現されません。
添付いただいたファイルを拝見する限り、上限はいつも１なので、そちらの例では大丈夫ですが、case2, case3の上限（最大値）がcase1のものよりも下がった場合、うまくいきません。
少し懸念点のある方法ですが、参考になれば幸いです。
Z2=peaks-5;
contourf(Z2,level)
colorbar
Z = peaks;
minimum=min(Z,[],'all');
maximum=max(Z,[],'all');
num_level=10;
interval=(maximum-minimum)/(num_level-1);
level=minimum+(0:num_level-2)*interval;
subplot(1,3,1)
contourf(Z,level)
colorbar
Z2 = Z;
Z2(20:30,15:35)=Z2(20:30,15:35)-3;
subplot(1,3,2)
contourf(Z2,level)
colorbar
Z3 = Z;
Z3(20:30,15:35)=Z3(20:30,15:35)-7;
subplot(1,3,3)
contourf(Z3,level)
colorbar
