2 次元の多角形の塗りつぶしの関数 fill が使えそうです。これで塗りつぶして、グラフを重ね書きしてみてはいかがでしょうか。
% 正弦波の計算
x = 0:0.1:2*pi;
y = sin(x);
% グラフの作成
figure
% 2次元の多角形の塗りつぶし
% x 軸が 1 <= x <= 5, y 軸が -1 <= y <= 1 の長方形
% RGB : [0.1 0.5 0.1] で塗りつぶし
fp = fill([1 1 5 5],[-1 1 1 -1],[0.1 0.5 0.1]);
fp.EdgeColor = [0.1 0.5 0.1]; % エッジの色を RGB で指定
fp.FaceAlpha = 0.5; % 透明度を 0~1 で指定
hold on
plot(x,y) % 正弦波のグラフをプロット
hold off
grid on
xlim([0 6]) % グラフのx 軸座標の調整
ylim([-1 1]) % グラフのy 軸座標の調整