ご参考までに、3次元の点またはラインをプロットする関数 plot3 でも 3次元のデータのグラフを作成できそうです。
% データの読み込み
T = readtable('sample.xlsx');
% グラフの作成
figure
plot3(T.X,T.Y,T.Z,'.')
xlabel([T.Properties.VariableNames{1} ' のデータ'])
ylabel([T.Properties.VariableNames{2} ' のデータ'])
zlabel([T.Properties.VariableNames{3} ' のデータ'])
grid on
