問題は解決されましたでしょうか?
エラーの原因は恐らく、MATLAB Functionブロックの入出力の信号属性の設定が不足しているものと考えられます。今回の場合ですとArrayという出力変数の次元が可変であると思われますので、信号属性は可変とし、サイズには最大次元を設定します。
Simulinkでは、変数(信号) の属性を明示的に設定しないと、既定の属性で動くことになってしまいます。出力変数の次元は既定では固定次元となっており、エラーが発生したと思われます。
私の手元で、arai様同様のエラーを再現後、エラーが発生しないような設定を行ったモデルをR2019bで作成し添付しました。こちらでエラーは消えると思いますので、必要に応じてその他の信号属性を設定して頂けますでしょうか?
これらの設定に関するドキュメントは下記リンク先を参照してください。