最適なやり方ではないと思いますが、一時的にファイルを作成して対応するようにしました。
run('option.m');
save('option.mat')
optionData = load('option.mat')
delete(option.mat);
funcWsName = who ('OP_*');
for j = 1:numel(funcWsName)
baseWsData = evalin('base' ,funcWsName{j});
baseWsData.Value = optionData.(funcWsName{j}).Value;
end
この方法でやりたいことはできましたので、クローズとします。
ご回答いただいた方、ありがとうございます。