すぐできそうな対策としては、エラーが出そうなプログラムのところの関数入力をチェックするプログラムを追加して、よりロバストなアプリケーションを作成する方法はいかがでしょうか。
配列の要素数を取得する numel 関数や次元のサイズなどを取得する size 関数、変数のデータ型をチェックする関数などもあるようです。
このような チェックで想定外の入力があった場合は、警告を表示や処理をしないプログラムにすればできそうかなと思います。
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