ylabel 関数では文字ごとの色を指定することはできなさそうですね。どうしても表示したい場合は、例えば text 関数を使用して説明のテキストとして 2 つ追加する等の工夫が必要かなと思います。
figure
plot((1:10).^2)
text(0.01,50,'2000','Color',[1 0 0],'Rotation',90,'FontSize',12)
text(0.3,50,'1000','Color',[0 0 1],'Rotation',90,'FontSize',12)
※ figure のウィンドウサイズが変わると座標の間隔が変わるため体裁が崩れるみたいです・・・