ジグザグ波形が、尖らないサインカーブのような、滑らかな波形になって欲しい、ということでしょうか？
大きく分けて２つのアプローチがあると思います。
- プラントモデル（今回は何らかの金属）を改良する
- 制御ロジック（今回はON/OFFのスイッチ）を改良する
1. ヒーターで温める対象（金属）を Thermal Mass ブロック一つで表現しているようにお見受けします。
熱を受ける金属断面から金属全体へ熱伝導するようにモデリングすることで、滑らかな温度上昇下降カーブを表現できる可能性があります。
例えば、以下のモデルを参照ください。
2. 制御対象のモデルの作りによって、ON/OFF制御であるかぎり反応がジグザグになるのは避けられません。
代わりに、例えばPID制御器を使うと滑らかな反応を期待できます。
SimulinkにはPID制御器を実装するブロック（PID Controller）があります。PID Controllerを使った例は以下などをご参照ください。
以上、ご検討ください。
