まず、MATLAB CompilerによるEXEファイルが動作可能な環境は、MATLAB本体が動作する動作環境と同様となります。これは、EXEファイル動作時に必要な、MATLAB Compiler Runtime(MCR)のコア部分はMATLAB本体と同様のため、結果としてMATLAB本体の動作環境と同じになるためです。
誠に恐れ入りますが、Windows10 IoT 上での MATLABの動作検証はされておりません。
実際にお試し頂いて動作する可能性もあるかもしれませんが、ユーザ様の責任下にてご利用いただくことになります。
(問題が発生した場合の動作保証はできません)