残念ながら、コマンドプロンプト から matlab -r にてステートメントを実行する際、既存プロセスを使用する機能は提供されておりません。
代替案としては、COM(ActiveX) を使って、外部アプリケーション(コマンドプロンプトでは不可能ですが、例えば、powershellであれば可能かと思います)から MATLAB を操作する方法が考えられます。
COMサーバーとして MATLAB を起動した後、外部アプリケーションから既存の MATLABに接続します。
関連する内容が、以下の URL からご覧いただけます。
・COM オートメーション サーバー用 MATLAB API
https://jp.mathworks.com/help/matlab/call-matlab-com-automation-server.html
・既存の MATLAB サーバーへの接続
https://jp.mathworks.com/help/matlab/matlab_external/connecting-to-an-existing-matlab-server.html