「このrepoは仮に作成したものにすぎないので、この設定を削除、もしくは元に戻したい」
ここがよく分からないのですが、リポジトリを削除するということであれば、以下のコマンドでbashから削除できると思います。
$ ls -lt .git
$ rm -rf .git
リポジトリを削除するならMATLABは閉じておいた方が良いです。
MATLABを起動しておくとMATLABも.gitフォルダを管理している可能性があるので、.gitフォルダを削除できません。
設定 > MATLAB > 一般 > ソース管理
から設定変更できませんか？
