こんにちは。
VideoFileReaderは、ビデオを再生するわけではなく、ビデオの先頭から1フレームずつ読み込む仕様です。
詳しくは下記ページの使用法の部分を読んでいただけるとわかるかと思います。
vr = vision.VideoFileReader(ファイル名);
frame = vr(); % 先頭フレームを読み込む(以後、このコマンドを実行するたび次のフレームを読み込む)
imshow(frame); % 読んだフレームを表示
ですので、1フレームずつ読んで処理してを繰り返すのが基本的な使い方です。
while ~isDone(vr)
frame = vr();
%% 処理本体
% なにか書く
%%
end