scatter 関数の第4引数で各ポイントの色をコントロールすることができます。例えばご質問のプログラムですと、以下のようになります。
scatter関数の詳細は以下をご参照ください。
% (x,y) 座標を格子状に並べる場合、meshgrid関数を使うと以下のようにforループを使わず書くことができます。
x = -5:5;
y = -5:5;
[xGrid, yGrid] = meshgrid(x,y);
TGrid = xGrid + yGrid;
% 第4引数の値によって各ポイントの色をコントロールします。
% ちなみに第3引数でポイントサイズを制御できます (この例ではdefault値を使うため "[]" としています)。
figure
scatter(xGrid(:),yGrid(:),[],TGrid(:),'filled')
box on
colorbar