エクセルの上限行数を超えるのであれば、MATLAB のプログラムで解析すれば良いかと思います。ワークスペースの変数は、MAT ファイルというファイルに保存できますので、こちらのファイルでシミュレーション結果のデータを管理すれば良いと思います。
シミュレーションの実行によりデータが大量になってしまう場合は、以下のような方法で工夫する必要があるかなあと思います。
・シミュレーションの適切な実行時間を設定する。
・ソルバーのステップサイズを粗くして、計算の精度を下げることを検討する。
・データを保存するときに、間引いて保存する。