音声ファイル名を1つのセル配列にまとめ、randi 関数を使ってインデックスを求める方法がございます。
% ファイルをセル配列に格納
cellFiles = {'001.wav', '002.wav', '003.wav'};
% ランダムなインデックス値を取得
idx = randi( numel(cellFiles), 1 );
% インデックス値からファイル名を取得
filename = cellFiles{idx};
% 音声再生
[y, Fs] = audioread( filename);
sound(y, Fs);
