エラーも確認しましたが，残念ながらエラーメッセージには解決策が見いだすほどの情報がなさそうです．R2015a にて，元モデルから S-Function を生成して実行したということですが，生成した S-Function と内部エラーは関係ありそうでしょうか．S-Function を生成せずにモデルが実行できるようであれば，S-Function 生成が関係しそうか否か切り分けていくことで，問題の箇所を特定していくことをお勧めします．
なお，R2015a の場合も，拡張子は .mdl でも動作しますので，最小限の変更でどの段階まで動作するかなど，見ていただくとよいかと思います．
