できます。ただし実装方法は状況次第で変わると思います。
n×2行列とx軸の関係が明確ではありませんので、あくまで推定で解釈してスクリプトを書いてみました。さまざまということなので1列目に10000が複数出現するような場合は、もう少し手を加える必要があります。
% n×2行列
x = -31416:1:31416; % 説明をわかりやすくするため整数限定
y = sin(x./10000);
data = [x; y]';
% 10000という数値が生じたタイミングの1000
limit = 10000;
% 1列目がx軸、2列目がy軸 という解釈で合ってるきっと！
plot(data(:,1), data(:,2))
grid on
hold on
% limit のところを 0 にシフト
% こういう行列がほしいが、0より下はいらない
plot(data(:,1) - limit, data(:,2))
% 1列目に limit を見つけたら data を更新
f = find(data(:,1) == limit);
if not(isempty(f)) % 無いというケースもある
data = data(f(1):end, :);
end
data(:,1) = data(:,1) - limit;
% 完成
plot(data(:,1), data(:,2), 'Linewidth', 5)
