動作で挙げられた項目1つ1つ問題を解決して、できるか確認していくステップになると思います。
1,3についてはMATLABスクリプトですので、MATLAB coderでCコードを出力し、2はSimulink Coderでコード生成という使い分けが要ります。
2に関してはkitsune様がやりたことの近いイメージかと思いますので、ご参照ください。
ここで記述されているパラメータ値用のMATファイルを用意しているのですが、このあたりがMATLAB Coderで実現できるか1つポイントとなりそうです。
今回のSimulink Coderという前提なので、回答にはなりませんが、Simulink Compilerを使うとより簡単にやりたいことを実現できる可能性はありそうです。ご参考までに。
https://jp.mathworks.com/products/simulink-compiler.html