サービス終了日を迎えてライセンスの有効期限が過ぎた場合、そのMATLABは起動できなくなります。今回は、起動はできており、コードのエラーが出ていますので、ライセンスの有効期限とは別問題のようです。
「配列インデックスは正の整数または logical 値でなければなりません。」のエラーですが、配列インデックスに0を入れたりしていませんでしょうか?
例えば、
A=ones(2);
A(0)
とするとこのエラーを再現できますが、MATLABでは配列インデックスが1始まり(C言語などでは0始まり)なので、0番目のインデックスにアクセスしようとするとこのエラーが出ます。
所有している全てのプログラムでこのエラーが起こるということは、何かMATLABのビルトインの関数が変更されてしまったのかもしれません。エラーが起こるコードのサンプルをお見せいただくことは可能でしょうか?