こんにちは。
もっといい方法があるかもしれませんが、im2col関数とreshape関数を組合わせる方法がわかりやすいかなと思いました。
A = [1 1 2 2;1 1 2 2;3 3 4 4;3 3 4 4]
im2col(A,[2 2],'distinct') % どういう出力になるか見てみてください
reshape(im2col(A,[2 2],'distinct'),[2 2 4]) % im2colの出力をさらに並べ替えて、ご所望の形にしています。
ただこのやり方ですと3次元目が1 3 2 4の順で出力される（行方向がデフォルトの優先順位）ので、もし1 2 3 4の順にしたい場合は、処理前に
A = A';
で転置することになるかなと思います。
