出力をN行3列の配列にするには、各行の要素数を3に揃える必要があります。このため、ご質問のようなケースでは各行の要素数を揃えるために空欄を別の値で埋める必要があります。例えば空欄をNaNで埋めるとして、下記のような方法はいかがでしょうか？
A = [1 3 2 1 3 2 3 4;
2 2 4 2 1 5 3 2;
2 3 4 5 6 5 3 4];
% reshape後をN行3列の配列にするためNaNを追加
A = [A, nan(3,1)];
% reshapeで配列の形を変換
B = reshape(A',3,[])';
>> B
B =
1 3 2
1 3 2
3 4 NaN
2 2 4
2 1 5
3 2 NaN
2 3 4
5 6 5
3 4 NaN
