Linux の場合、MATLAB 起動時のオプション "-nodesktop" オプションを使用します。このオプションで起動すると Linux のターミナル上に MATLAB のコマンドウィンドウが表示される形となり (プロンプトが ">>" となります)、そのままターミナルを使用して MATLAB のコマンドを実行することができます。MATLAB 終了時にexitまたはquitコマンドを実行します。
起動例:
$ matlab -nodesktop
なお、Windows ではこのようなモードはありません。 "-nodesktop" オプションを使用した場合、MATLABのコンソール画面が起動します。