で表示されるメッセージの意味について触れられているので参考までご紹介します。
pathdef.m を別の場所に保存しますか?というのはコマンド
> userpath
で表示されるフォルダに保存しますか?という意味であるはずですが、実行できない理由が気になります。
例えばコマンドウィンドウ上で userpath と実行して表示されるフォルダは存在しておりますでしょうか?

Find the treasures in MATLAB Central and discover how the community can help you!
Start Hunting!