以下のように、figureを出力して最大サイズにした上で、ginputを実行されるのはどうでしょうか?
n_point=1;
h = figure;
h.WindowState = 'maximized';
ginput(n_point);
figureの最大化については、こちらの質問も参考になるかと思います。
https://jp.mathworks.com/matlabcentral/answers/283259-figure
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