MATLABデスクトップ上からフォルダを現在フォルダを開く(移動する)様な操作が重いということでしたら、Java ヒープメモリを増やしてみるのが一つのアイディアになるかもしれません。
Java ヒープメモリは、MATLAB デスクトップ画面上部のホームタブ > [基本設定] より 基本設定画面を開き、
MATLAB > 一般 > Java ヒープメモリ と進みます。
[Java ヒープ サイズ] 設定を引き上げる (スライダを右方向へ調節する)ことになりますが、下記のドキュメントの通り、Java ヒープサイズを増やすことでデータを配列に格納するために使用できるメモリの量が減少します点はご注意ください。